法律分析：
可以。虽然在诉讼管辖上，建设工程合同纠纷适用于专属管辖，但是合同双方仍旧可以约定仲裁。纠纷发生时，仲裁和诉讼两者只能选择其一。
法律依据：
《中华人民共和国仲裁法》 第四条 当事人采用仲裁方式解决纠纷，应当双方自愿，达成仲裁协议。没有仲裁协议，一方申请仲裁的，仲裁委员会不予受理。
《中华人民共和国民事诉讼法》 第三十三条 下列案件，由本条规定的人民专属管辖：
（一）因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民管辖；
（二）因港口作业中发生纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民管辖；
（三）因继承遗产纠纷提起的诉讼，由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地人民管辖。
